Популярны поездки в Национальные парки. На Мадагаскаре есть, на что посмотреть в плане природных достопримечательностей: это и эффектные жилы драгоценных и полудрагоценных камней, выходящие на поверхность из земных недр, и гейзеры, и водопады, и красивые озёра, образовавшиеся в кратерах потухших вулканов.

Национальный парк Исалу на юге страны известен своими впечатляющими пешими маршрутами. В этом парке практически нет животных (за исключением лемуров), отсутствуют даже птицы и насекомые. Пустота, безветренная жаркая погода, множество «бара» (резных надгробий местных народностей) и глубокие каньоны с чистой водой создают здесь один из самых необычных ландшафтов на планете.

Парк Де-Раномафана находится в центральной части страны и представляет собой причудливую смесь холмов и пологих долин, покрытых вечнозелёными тропическими лесами. Это один из самых красивых парков на Мадагаскаре, здесь обитает 14 видов лемуров, 96 видов птиц, пресмыкающихся, бабочек и других редких животных.

Парк Перине на востоке страны — это вечнозелёные леса с обитающей в них крупной популяцией лемуров Индри и множеством других, не менее интересных животных. В соседнем парке Мантадия можно увидеть отлично сохранившиеся реликтовые дождевые леса, в которых водится множество редчайших птиц и животных.

Заповедник Цинги-де-Бемараха — самая крупная охраняемая территория Мадагаскара. Он охватывает комплекс карстовых пород серо-синего цвета и цепь пиков, поднимающихся на высоту до 30 м. В южной части массива листопадный лес простирается до центральной части известнякового плато Цинги, южная часть которого заканчивается глубокими ущельями, прорытыми рекой Манамбулу, с каньонами и гротами. На территории этого заповедника есть и саванна, характерная для западного Мадагаскара.